Selaras dengan Bahagian 171 dan Akta Kerajaan Tempatan 1976, semua Kerajaan Tempatan disusun mengikut sistem tiga-tahap. Sistem ini khususnya terdiri dari :-
a) Ahli-ahli Majlis
b) Jawatankuasa-jawatankuasa Kerja
c)Pentadbiran
Di bawah sistem ini, ketiga-tiga kompenen ini berfungsi sebagai pengukuhan pentadbiran sesebuah Kerajaan Tempatan. Majlis Daerah Pontian (MDP) terdiri daripada Yang Dipertua, Setiausaha dan organisasi sokongan seperti yang di pamerkan dalam carta organisasi. Selain daripada itu, 24 orang ahli majlis dan 3 orang ahli "ex-officio" yang dilantik oleh Kerajaan Negeri. Ahli-ahli majlis ini secara amnya adalah para perwakilan parti politik yang memerintah. Manakala ahli-ahli "ex-officio" adalah terdiri daripada pegawai-pegawai Kerajaan Negeri di Peringkat Daerah iaitu :-
a) Pegawai Tadbir Tanah Daerah
b) Jurutera Daerah (Jabatan Kerja Raya)
c) Pegawai Kesihatan Daerah
Terdapat sebanyak sembilan Bahagian yang membantu Yang Dipertua Majlis dan Setiausaha di dalam melaksanakan Pentadbiran MDP. Bahagian-bahagian tersebut ialah Bahagian Pentadbiran, Bahagian Pelesenan, Bahagian Kewangan, Bahagian Kesihatan, Bahagian Penilaian dan Pengurusan Harta, Bahagian Kejuruteraan dan Pembangunan, Bahagian Perundangan, Bahagian Pelancongan Dan Landskap dan Bahagian Penguatkuasaan.
Selain daripada itu segala keputusan penting adalah diambil berdasarkan daripada pungutan suara terbanyak di kalangan Ahli-ahli Majlis sewaktu sesuatu mesyuarat Majlis dijalankan. Ahli-ahli Majlis ini juga memegang jawatan dalam berbagai-bagai Jawatakuasa Penasihat yang ditubuhkan secara kekal (standing) atau ad-hoc untuk mengendalikan pelbagai aspek yang berhubung kait dengan aktiviti-aktiviti MDP. Jawatankuasa ini biasanya terdiri daripada Ahli-ahli Majlis dan Pegawai-pegawai / kakitangan MDP atau Jabatan-jabatan Kerajaan lain yang berkenaan. Di mana terdapat tujuh jawatankuasa yang diwujudkan iaitu :-
a) Jawatankuasa Kewangan dan Perkara Am
b) Jawatankuasa Kerja, Pelan dan Perancangan Bandar
c) Jawatankuasa Lalulintas
d) Jawatankuasa Kesihatan dan Pelesenan
e) Jawatankuasa Penilaian / Taksiran
f) Jawatankuasa Pembangunan
g) Jawatankuasa Pelancongan dan Alam Sekitar
